Konec mnohasetleté přítomnosti Židů v Polsku přinesla druhá světová válka. Tragedií holocaustu neustále připomíná Pochod živých, kterého se každoročně na jaře účastní v koncentračním táboře Auchwitz – Birkenau mladí Poláci a Židé.
Osvětim je největší německý tábor masového vyhlazování na území Polska. Pozůstatky krematorií, plynových komor, lázně a rybník, do kterého se sypal lidský popel, se staly součástí muzeální expozice. Treblinka, Bełżec, Majdanek, Chełmno, Sztutów a Sobibor rovněž byly místem hitlerovského koncentračního tábora, kde umírali Židé.
V Sobiboře propuklo v roce 1934 povstání šesti set židovských vězňů, již se poté ukryli v okolních lesích. Němci pak v odvetě vyvraždili všechny, kteří zůstali a tábor srovnali se zemí. Nezůstalo nic, ani budovy, ani dokumenty. Válku přežilo 50 uprchlíků.
Důležitým bodem na mučednické mapě jsou getta, odkud byli do koncentračních táborů Židé vysíláni. Největší se nacházely ve Varšavě, Lodži a Krakově. V místě varšavského povstání vznikl Trakt Pamięci Męczeństwa i Walki Żydów (Trakt paměti židovského utrpení a boje): řada pamětních tabulí a pomníků, od pomníku Bohaterów Getta, přes pomník Żegoty, Dąb nadziei, část zdi getta, až ke zdi - pomníku Umschlagplatzu, v místě vedlejších kolejí, odkud byli deportováni Židé do Treblinky.
Hned vedle hranice getta v Lodži, na vlakovém nádraží Radogoszcz, dalším místě deportace, se dochovaly koleje a tehdejší dřevěná budova nádraží, odkud byli Židé vyváženi.
Z krakovského getta se dochovala zeďve lwowské ulici a lékárna „u Orla“, kde se dnes nachází Muzeum národní paměti. Její polský majitel zaznamenal popis tehdejších událostí ve vzpomínkách „Lékárna v krakovském gettě“.
S holocaustem odešli nejen lidé, ale také svědectví jejich kultury. Krakovský Kazimierz je však magickým místem, kde je stále cítit atmosféra starobylé židovské čtvrtě. Je zde mnoho k vidění. Sedm synagog, hřbitov u synagogy Remuh a Muzeum historie a kultury krakovských Židů, zřízeném v nejstarší polské synagoze z 15. století - Staré synagoze.
